《攻壳机动队:SAC_2045》的故事设定在近未来,人类可以将身体的大部分替换为义体,科技发展带来便利的同时也引发了诸多问题。公安九课在草薙素子和巴特的带领下,负责处理各类与义体犯罪相关的棘手案件。在一次调查中,他们发现了一个企图颠覆现有社会秩序的神秘组织,该组织利用先进的网络技术操控人们的义体,制造混乱。随着调查深入,九课成员逐渐揭开背后隐藏的巨大阴谋,涉及到政府高层、跨国企业等多方势力。在这个过程中,草薙素子对人类的存在、灵魂与义体的关系有了更深的思考,团队也在一次次危险任务中面临生死考验,他们能否阻止阴谋的发生,守护社会的和平与稳定,成为故事的一大看点。