《木棉花的秋天》围绕着叶耀华、方茹涵和慕橙三人展开一段爱恨纠葛的故事。叶耀华与方茹涵本是一对甜蜜恋人，然而命运弄人，茹涵家道中落，耀华的母亲为了家族利益，强行拆散了他们。耀华无奈之下与门当户对的慧珊结婚。慕橙善良美丽，在耀华最失意的时候陪伴着他，两人渐生情愫。茹涵得知耀华结婚的消息后，伤心欲绝，她的父亲也因此一病不起。后来，茹涵为了给父亲治病，不得不委身于富商。在复杂的情感和利益交织中，几人不断经历着误会、伤害与原谅。最终，历经重重磨难，他们在木棉花盛开的季节里，各自寻得了心灵的归宿，也明白了爱情与亲情的真谛。