한셀 2014 다운로드

결정적인 분류의 부족을 감안할 때, 우리는 셀 사이클 단계에 의해 데이터 집합의 처리를 수행 하지 않습니다. 이것은 세포 주기 효력이 다양 한 인구에 있는 세포 유형 사이 명백한 차이와 비교해 상대적으로 미묘 하기 때문에,이 분석을 위해 문제 적일 것 같지 않다. 따라서, 이전은 후자에 대하여 결론을 왜곡 하 게 확률이 낮다. 참으로, 분류는 postmitotic이 고 세포 주기의 어떤 단계 든 지에서 속하지 않는 많은 신경 세포 유형을 위해 무관 할지도 모른다. 실제로,이 전략은 작은 수의 스파이크 인 사본에 의해 훼손 된다, 그들의 불균등 한 배급 및 (세포의 낮은 수를 위해) 그들의 차이 견적의 부정확성. 이를 통해 복잡 한 평균 의존 추세를 스파이크 인 분산에 정확 하 게 맞출 수 있습니다. 양자 택일 접근은 사용을 사용 하 여 내 생 유전자의 분산 견적에 동향을, 적합 하기 위한 것 이다. 스파이크 = 거짓 설정 아래와 같이. 이것은 기술적인 분 대가 그 유전자를 위한 총 가변성을 지배 한다 유전자의 대다수가 가변적으로 표현 되지 않는다고 추정 한다.

동향의 적합 하 던 가치는 기술적인 분 대의 견적으로 그 때 사용 된다. 이 방법은 실험에서 스파이크 기능이 추가 되지 않은 경우에만 사용할 수 있습니다. 각 세포에 대 한, 우리는 계산의 총 개수 또는 미토 콘 드리 아 유전자 또는 성적 스파이크에 카운트의 비율과 같은 품질 관리 통계를 계산할 수 있습니다. 이들은 미래 참고를 위한 sceset의 pdata에서 저장 된다. 마지막으로, 상 소 모집단은 열에서 dendrogram을 절단 하 여 계산을 정의할 수 있습니다. 밖으로 $ coldendrogram 클러스터를 형성 하는 cubtree 있습니다. 신뢰할 수 있는 클러스터링에 대 한 하위 구조가 너무 약한 것 처럼 여기서는이를 시도 하지 않습니다. 실제로 사용자는 일반적으로 클러스터링 결과를 몇 가지 주의 해 서 처리 해야 합니다. 셀 간의 차이가 미묘 하면 셀을 클러스터로 할당 하는 것이 견고 하지 않을 수 있습니다. 또한, 다른 알고리즘은 데이터의 다양 한 측면에 초점을 맞춤 으로써 실질적으로 다른 클러스터를 얻을 수 있습니다.

클러스터의 실험적 유효성 검사는 putative 부분 모집단이 실제로 존재 하는지 확인 하기 위해 매우 중요 합니다. 중요 한 상관 관계는 데이터 집합의 하위 구조에 대 한 증명 정보 (즉, 식 프로필에서 체계적인 차이점이 있는 셀의 하위 모집단)를 제공 합니다. 크게 상관 관계가 있는 hvg 쌍의 수는 서브 구조의 강도를 나타냅니다. 많은 쌍이 중대 한 경우에, 이것은 sub인구가 명확 하 게 정의 되 고 서로 명백 했다 나타낼 것입니다. 이 특정 데이터 집합에 대해 상대적으로 낮은 수의 hvgs는 중요 한 상관 관계를 나타냅니다. 이것은 데이터의 모든 토대가 엄격한 선택 hscs (윌슨 외 알., 2015)의 균질 인구를 얻기 위해 수행 되었다 주어진 것으로 예상 된다 겸손 하 게 될 것을 제안 합니다. 상호 연관 된 hvgs의 차원 감소를 수행 하 여 하위 구조가 있는지 확인 합니다. 셀은 별개의 부분 모집단에 해당 하는 SNE 플롯 (그림 23)에서 뚜렷한 클러스터로 분리 됩니다. 이것은 다양 한 두뇌 인구에 (서) 다중 세포 유형의 존재와 일관 된다.

스파이크-인 사본에 대 한 별도의 크기 요인을 컴퓨팅. 내 생 유전자에 대 한 카운트에서 계산 된 크기 요인은 일반적으로 성적 스파이크에 대 한 카운트를 정상화에 적합 하지 않습니다. 라이브러리 정량화가 없는 실험, 즉 각 라이브러리의 cdna 양은 풀링 및 다중화 시퀀싱 전에 평준화 되지 않습니다. 여기에, 더 많은 RNA를 포함 하는 세포 내 생 유전자에 대 한 큰 건의 하 고 따라서 큰 크기 요인은 그 카운트를 아래로 확장할 수 있습니다. 그러나, 같은 양의 스파이크-in RNA 라이브러리 준비 하는 동안 각 셀에 추가 됩니다. 이는 스파이크-인 사본에 대 한 카운트가 RNA 컨텐츠의 영향을 받지 않음을 의미 합니다. 스파이크-인 카운트를 유전자 기반 크기 요인으로 정상화 하려고 하면 초과 정규화 및 잘못 된 정량화 식이 발생할 수 있습니다.